「ちゅっちゅこっこ」のうつ伏せver.で赤ちゃんと顔を合わせようとすると首が痛くなります。頭の下にクッションを置いて補助してもいいでしょうか？

はい。大丈夫です。ただ、お母さんが仰向け姿勢から頭を挙げると首が痛くなるといった場合、体幹の力が低下していることが考えられます。美ママのポーズなどで産後のお身体と上手く付き合いながら、お母さんも少しずつ体幹の力をつけていくよう意識できるとよいと思います。