ベビー編では「横隔膜・腹横筋・多裂筋・骨盤底筋群」の部分を指して体幹とすると言っていたが、プレキッズ編では「肩・股関節も体幹とする」という理解で良いですか？

はい。その理解で大丈夫です。
『広義の体幹』とは、四肢（左右の手足）と頭部以外の、筋肉・骨格・内臓を含めた『胴体部分』のことを言います。肩周りやお尻周りも『体幹』ということになります。WARAリズムのベビー編で定義されている体幹は『狭義の体幹』と言われている部分のことで、体幹の深部にあることから『インナーマッスル』と称されることもあります。運動指導の場面では、いずれも【体幹】を説明する際には頻繁に用いられています。